様々な計算機の演算能力を発揮する分子動力学計算のアルゴリズムやソフトウェアを開発し、タンパク質、核酸、糖鎖、生体膜などの生体分子シミュレーションに応用していきます。

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PIからのメッセージ

理研計算科学研究センター粒子系生物物理研究チームでは、GENESIS(GENeralized-Ensemble SImulation System)ソフトウェアを開発し、様々なシステムにおける動的プロセス(ダイナミクス)の理解と予測を目指しています。GENESISは分子動力学(MD)を行うソフトウェアであり、QM/MM、全原子、粗視化された粒子モデルを用いた計算を行うことができます。GENESISを用いることで多くのCPU coreやGPUを含む計算機のパフォーマンスを引き出し、大規模な生体分子システムのMDシミュレーションを実現します。

チームリーダー 杉田 有治
杉田 有治 写真