2023
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第6回日本オープンイノベーション大賞 文部科学大臣賞
“分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と社会実装””杉田有治 主任研究員、李秀栄 主任研究員（NIBIOHN）、松崎健一 取締役（理研数理）、小沢拓 部長（JSOL）、塩崎亨 代表取締役CEO（QSimulate Inc.）
2022
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令和４年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞（研究部門）
“細胞内環境における生体分子動的構造の理論的研究”杉田 有治 主任研究員 -
2021年度「理研栄峰賞」
“「富岳」に最適化されたGENESISの開発と公開、およびSARS–Cov–2スパイクタンパク質のMDシミュレーション”杉田有治主任研究員、Jaewoon Jung専任技師、小林千草技師、森貴治専任研究員、八木清専任研究員、Hisham Dokainish特別研究員、尾嶋拓研究員
2019
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第19回 日本蛋白質科学会 若手奨励賞(2019年6月25日）
“分子シミュレーションによる ADP/ATP Carrier の交互代替機構の原子論的解明”田村 康一 基礎科学特別研究員
2018
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平成29年度HPCI利用研究課題優秀成果賞(2018年11月2日）
“膜輸送タンパク質の大規模構造変化を伴う反応機構の解明手法の開発”岩橋（小林）千草 研究員
2016
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第16回 日本蛋白質科学会 若手奨励賞・優秀賞
“1分子 FRET データと分子動力学シミュレーションによるタンパク質ダイナミクス解析”松永 康佑 基礎科学特別研究員