構成員

特別研究員　信夫　愛

学歴

2015年 ヘブライ大学（イスラエル国）　博士課程 修了（博士 （理学））
2009年 ヘブライ大学（イスラエル国）　修士課程 修了
2006年 ヘブライ大学（イスラエル国）　卒業

研究・教育歴

2018年-現在 理化学研究所 計算科学研究センター　特別研究員
2017年-2018年 東京工業大学生命理工学院　研究員
2017年-2018年 東京大学分子細胞生物学研究所　研究員
2016年 ヘブライ大学（イスラエル国）研究員

所属学会

日本生物物理学会、日本蛋白質科学会

研究テーマ

粗視化モデルの開発

出版物

  1. evERdock BAI: machine-learning-guided selection of protein-protein complex structure.
    Kei Terayama*, Ai Shinobu*, Koji Tsuda, Kazuhiro Takemura, and Akio Kitao
    J. Chem. Phys. , 151, 215104 (2019).(*equally contributed)
  2. Building a macro-mixing dual‑basin Gō model using the Multistate Bennett Acceptance Ratio.
    Ai Shinobu, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, and Yuji Sugita
    Biophys. Physicobiol. , 16, 310-321 (2019).
  3. Essential ion binding residues for Na+ flow in stator complex of the Vibrio flagellar motor.
    Yasuhiro Onoue*, Masayo Iwaki*, Ai Shinobu*, Yasutaka Nishihara, Hiroto Iwatsuki, Hiroyuki Terashima, Akio Kitao, Hideki Kandori, and Mchio Homma
    Sci. Rep. , 9, 11216 (2019).(*equally contributed)
  4. Refining evERdock: Improved selection of good protein-protein complex models achieved by MD optimization and use of multiple conformations.
    Ai Shinobu, Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayashi, and Akio Kitao
    J. Chem. Phys. , 148, 195101 (2018).
  5. Proton Wire Dynamics in the Green Fluorescent Protein.
    Ai Shinobu and Noam Agmon
    J. Chem. Theory Comput. , 13, 353-369 (2017).
  6. The Hole in the Barrel: Water Exchange at the GFP Chromophore.
    Ai Shinobu and Noam Agmon
    J. Phys. Chem. B , 119, 3464-3478 (2015).
  7. Visualizing Proton Antenna in a High-Resolution Green Fluorescent Protein Structure.
    Ai Shinobu, Gottfried J. Palm, Abraham J. Schierbeek, and Noam Agmon
    J. Am. Chem. Soc. , 132, 11093-11102 (2010). (selected as cover art)
  8. Mapping Proton Wires in Proteins: Carbonic Anhydrase and GFP Chromophore Biosynthesis.
    Ai Shinobu and Noam Agmon
    J. Phys. Chem. A , 113, 7253-7266 (2009).