研究員 伊東 真吾
学歴
| 2011年 | 名古屋大学 理学部 物理学科 卒業 |
| 2013年 | 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻（物理系）修士課程 終了 |
| 2016年 | 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻（物理系）博士課程 終了 |
研究歴
| 2016年 | 名古屋大学 大学院理学研究科 博士研究員 |
| 2018年 | ボストン大学 化学科 博士研究員 |
| 2019年 | 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 特別研究員 |
| 2024年 | 理化学研究所 粒子系生物物理チーム 研究員（現在に至る） |
所属学会
日本生物物理学会、日本蛋白質科学会、分子シミュレーション学会研究テーマ
- 分子動力学法による酵素反応機構の解明
- 自由エネルギー計算手法の開発
- 分子動力学パッケージの改良および開発
原著論文
- Free-energy landscapes of transmembrane homodimers by bias-exchange adaptively biased molecular dynamics. S. Ito, Y. Sugita* Biophys. Chem., 307, 107190 (2024).
- Allosteric regulation of β-reaction stage I in tryptophan synthase upon the α-ligand binding. S. Ito, K. Yagi, and Y. Sugita* J. Chem. Phys., 158, 115101 (2023).
- Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation. Y. Matsunaga, M. Kamiya, H. Oshima, J. Jung, S. Ito, and Y. Sugita* Biophys. Rev., 14, 1503-1512 (2022).
- Computational analysis on the allostery of tryptophan synthase: Relationship between α/β-ligand binding and distal domain closure. S. Ito, K. Yagi, and Y. Sugita* J. Phys. Chem. B, 126, 3300-3308 (2022).
- Encapsulation of aromatic guests in the bisporphyrin cavity of a double-stranded spiroborate helicate: Thermodynamic and kinetic studies and the encapsulation mechanism. N. Ousaka, S. Yamamoto, H. Iida, T. Iwata, S. Ito, R. Souza, Y. Hijikata, S. Irle, and E. Yashima* J. Org. Chem., 86, 10501–10516 (2021).
- Exploring the Minimum-Energy Pathways and Free-Energy Profiles of Enzymatic Reactions with QM/MM Calculations. K. Yagi, S. Ito, and Y. Sugita* J. Phys. Chem. B, 125, 4701–4713 (2021).
- Multi-level free energy simulation with a staged transformation approach. S. Ito, and Q. Cui* J. Chem. Phys., 153, 044115 (2020).
- Water-mediated deracemization of a bisporphyrin helicate assisted by diastereoselective encapsulation of chiral guests. N. Ousaka, S. Yamamoto, H. Iida, T. Iwata, S. Ito, Y. Hijikata, S. Irle, and E. Yashima* Nat. Commum., 10, 1457 (2019).
- Quantum chemical replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations reveal the formation mechanism of iron phthalocyanine from iron and phthalonitrile. S. Ito, Y. Wang, Y. Okamoto*, S. Irle* J. Chem. Phys., 149, 072332 (2018).
- Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS. S. Ito, D. G. Fedorov, Y. Okamoto*, S. Irle* Comput. Phys. Commum., 228, 152-162 (2018).
- Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB+ semiempirical quantum chemistry package. S. Ito, S. Irle, Y. Okamoto* Comput. Phys. Commum., 204, 1-10 (2016).
- QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges. X. Lu, D. Fang, S. Ito, Y. Okamoto, V. Ovchinnikov, Q. Cui* Mol. Sim., 42, 1056-1078 (2016).