メンバー構成員

研究員　松永 康佑

学歴

2001年 神戸大学 理学部 地球惑星科学科 卒業
2003年 神戸大学大学院 自然科学研究科 博士前期課程 修了
2007年 神戸大学大学院 自然科学研究科 博士後期課程 修了（博士（理学））

研究・教育歴

2004年 日本学術振興会特別研究員（DC2）
2007年 神戸大学大学院理学研究科 学術研究員
2007年 横浜市立大学大学院 博士研究員
2008年 理化学研究所 特別研究員
2011年 理化学研究所 基礎科学特別研究員
2014年 理化学研究所 研究員（現在に至る）
2016年 JST さきがけ 研究員（兼務、現在に至る）
2017年 文部科学省 卓越研究員候補者

受賞歴

2009年 ポスター発表優秀賞受賞　次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2009
2011年 Cutting Edge Award 2010年度理研シンポジウムペタフロップス時代のセンターシステム
2014年 「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果表彰
2016年 日本蛋白質科学会 若手奨励賞優秀賞

所属学会

日本生物物理学会、日本蛋白質科学会、バイオスーパーコンピューティング研究会

研究テーマ

  1. 分子動力学シミュレーションによるタンパク質アロステリーの解明
  2. タンパク質構造変化における反応自由度探索法の開発

出版物

  1. Y. Matsunaga and Y. Sugita, “Linking time-series of single-molecule experiments with molecular dynamics simulations by machine learning.” eLife, 7, e32668 (2018)
  2. Y. Matsunaga and Y. Sugita, “Refining Markov state models for conformational dynamics using ensemble-averaged data and time-series trajectories.” J. Chem. Phys. 148, 41731 (2018)
  3. Y. Matsunaga, T. Yamane, T. Terada, K. Moritsugu, H. Fujisaki, S. Murakami, M. Ikeguchi, A. Kidera, “Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB” eLife 7:e31715 (2018)
  4. C. Kobayashi*, J. Jung*, Y. Matsunaga, T. Mori, T. Ando, K. Tamura, M. Kamiya, Y. Sugita., “GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms” J. Comput. Chem. 38, 2193-2206 (2017) (*equally contributed)
  5. Y. Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Y. Sugita, “Dimensionality of Collective Variables for Describing Conformational Changes of a Multi-Domain Protein” Journal of Physical Chemistry Letters 7, 1446–1451 (2016)
  6. C. Kobayashi, Y. Matsunaga, R. Koike, M. Ota, Y. Sugita, “Domain Motion Enhanced (DoME) Model for Efficient Conformational Sampling of Multidomain Proteins” Journal of Physical Chemistry B 119, 14584-14593 (2015)
  7. H. Fujisaki, K. Moritsugu, Y. Matsunaga, T. Morishita, and L. Maragliano, “Extended phase-space methods for enhanced sampling in molecular simulations: a review.”, Front. Bioeng. Biotechnol. Volume 3, Article 125 (2015) doi:10.3389/fbioe.2015.00125
  8. Y. Matsunaga, A. Kidera, and Y. Sugita, “Sequential data assimilation for single-molecule FRET photon-counting data” Journal of Chemical Physics 142, 214115 (12 pages) (2015).
  9. J. Jung, T. Mori, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, T. Yoda, M. Feig, and Y. Sugita, “GENESIS: a hybrid‐parallel and multi‐scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations, WIREs Comput. Mol. Sci.” DOI: 10.1002/wcms.1220 (2015).
  10. 松永康佑 “ストリング法によるタンパク質構造変化解析” 統計数理 62, 285-299 (2014).
  11. 松永康佑 “ストリング法によるタンパク質構造変化の解析” 分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 16, 29-35 (2014).
  12. Y. Matsunaga, A. Baba, C. B. Li, J. E. Straub, M. Toda, T. Komatsuzaki, and R. S. Berry “Spatio-temporal hierarchy in the dynamics of a minimalist protein model” J. Chem. Phys, 139, 215101-1 – 215101-13 (2013).
  13. Y. Matsunaga, R. Koike, M. Ota, J.H. Tame, and A. Kidera “Influence of Structural Symmetry on Protein Dynamics” PLoS One 7, e50011 (2012).
  14. Y. Matsunaga, H. Fujisaki, T. Terada, T. Furuta, K. Moritsugu, and A. Kidera “Minimum Free Energy Path of Ligand-Induced Transition in Adenylate Kinase” PLoS Comput. Biol. 8, e1002555 (2012).
  15. S. Fuchigami, H. Fujisaki, Y. Matsunaga, and A. Kidera “Protein Functional Motions: Basic Concepts and Computational Methodologies” Adv. Chem. Phys. 145, 35-82 (2011).
  16. D.M. Leitner, Y. Matsunaga, C.B. Li, T. Komatsuzaki, A. Shojiguchi, and M. Toda, “Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics” Adv. Chem. Phys. 145, 83 (2011).
  17. Y. Matsunaga, C.B. Li, and T. Komatsuzaki “Cooperativity at different space and time scales in multiscale protein dynamics” Phys. Rev. E 82, 016213-1 – 016213-12 (2010).
  18. Y. Matsunaga, S. Fuchigami, and A. Kidera “Multivariate Frequency Domain Analysis of Protein Dynamics” J. Chem. Phys. 130, 124104-1 – 124104-8 (2009).
  19. A. Kidera, K. Moristugu, Y. Matsunaga, and H. Fujisaki, “Molecular Dynamics Simulation of Proteins: Two Models of Anharmonic Dynamics”, Proteins: Energy, Heat and Signal Flow, Chapter 5, p107-127 (2009), CRC Press.
  20. Y. Matsunaga, C.B. Li, and T. Komatsuzaki “Anomalous Diffusion in Folding Dynamics of Minimalist Protein Landscape” Phys. Rev. Lett. 99, 238103-1 – 238103-4 (2007).
  21. G.J. Rylance, R.L. Johnston, Y. Matsunaga, C.B. Li, A. Baba, and T. Komatsuzaki “Topographical complexity of multidimensional energy landscapes” Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 103, 18551-18555 (2006).
  22. C.B. Li, Y. Matsunaga, M. Toda, and T. Komatsuzaki “Phase Space Reaction Network on a Multisaddle Energy Landscape: HCN isomerization” J Chem. Phys. 123, 184301-1 – 184301-13 (2005).
  23. T. Komatsuzaki, K. Hoshino, Y. Matsunaga, G.J. Rylance, R.L. Johnston, and D.J. Wales “How Many Dimensions are Required to Approximate the Potential Energy Landscape of a Model Protein?” J. Chem. Phys. 122, 084714-1 – 084714-9 (2005).
  24. T. Komatsuzaki, K. Hoshino, and Y. Matsunaga “Regularity in Chaotic Transitions on Multibasin Landscapes” Adv. Chem. Phys. 130B, 257-313 (2005).
  25. K. Hoshino, Y. Matsunaga, M. Miller, D.J. Wales, and T. Komatsuzaki “A Coarse-Graining of Energy Landscapes of Proteins -Structural Stability of the Most Stable States-” AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708, 344-345 (2004).
  26. Y. Matsunaga and T. Komatsuzaki “Protein Folding Dynamics: Ergodic Behavior in Principal Component Space” AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708, 342-343 (2004).
  27. Y. Matsunaga, K.S. Kostov, and T. Komatsuzaki, “Hierarchical Regularity in Multi-Basin Dynamics on Protein Landscapes” AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708, 302-305 (2004).
  28. Y. Matsunaga, K.S. Kostov, and T. Komatsuzaki “Multibasin Dynamics in Off-Lattice Minimalist Protein Landscapes” J. Phys. Chem. A 106, 10898-10907 (2002).
  29. 松永康佑、小松崎民樹 “高分子とカオス -異常拡散と階層的規則性-” 高分子 57, 58-61 (2008).
  30. 星野恭子、松永康佑、G.J. Rylance、R.L. Johnston、D.J. Wales、小松崎民樹 “タンパク質エネルギー地形における構造多様性と多次元エネルギー地形の新しい可視化手法” 物性研究 86-1, 117-122 (2006).
  31. 松永康佑 “蛋白質フォールディングのダイナミックス -異常拡散と動的相関-” 物性研究 81, 571-592 (2004) (2002年度物性研究修士論文募集において採択・掲載)
  32. 小松崎民樹、松永康佑 “タンパク質フォールディングのダイナミックス -異常拡散と階層的規則性-” 生物物理 42, 285 (2002).
  33. 松永康佑 “蛋白質折れ畳みダイナミックスにおける階層的規則性” 物性研究 78, 457 (2002).